Расчет прибыли при КС базируется на обязательном ведении раздельного учета финансово-хозяйственных результатов по каждому отдельному контракту. Исполнитель фиксирует все доходы и документально подтвержденные расходы (через акты, накладные, счета-фактуры), относящиеся строго к конкретному ИГК.
Прибыль формируется как разница между ценой контракта и фактическими затратами, принятыми и санкционированными казначейством. С 2026 года крайне важно обеспечивать точность этого расчета, так как за неведение раздельного учета или смешение целевых средств с иными операциями введены административные штрафы.